注文住宅を建てる際は、住宅を建てる土地の取得と、土地の上に新築する住宅のそれぞれに関して不動産取得税を納付する必要があります。納付は、不動産に関する登記が終了して6〜12ヶ月経過した時期に都道府県から送られてくる納税証明書の記載に従って行います。
この税の納付額を決定する際に重要な課税標準額は、市町村役場で保管されている固定資産課税台帳に登録されているものについては台帳に記載されている価格が用いられますが、台帳に登録されていない新築住宅の場合は、固定資産評価基準によって土地と建物を評価して価格を決定し、課税標準額とします。標準税率は4％ですが、2015(平成27)年3月までは、土地および居住用建築物の取得については課税標準額の3％にあたる金額が納税額となります。
この税にはいくつか特例が設けられています。このうち、新築住宅の取得時に利用できるものとしては、床面積が50〜240平方メートルの範囲内にある新築住宅の取得に関する控除の特例や、認定長期優良住宅に関する控除の特例、住宅用の土地の取得に関する控除の特例などが挙げられます。
ただし、これらの特例を利用するためには、不動産の取得日から60日以内に都道府県税事務所に特例適用の申請を行わなければならないので注意が必要です。